BPK RI Perwakilan Provinsi DKI Jakarta terbentuk berawal dari Satuan Kerja Auditorat IV yang dipimpin oleh Drs. A. Th. Sutedjo, MM., yang kemudian digantikan oleh Drs. Rusmantoyo. Berdasarkan SK BPK RI No No. 16/SK/K//1996 tanggal 15 Agustus 1996, Auditorat IV berubah menjadi Perwakilan Khusus Jakarta, yang berkedudukan di Kantor Pusat BPK RI, Jalan Gatot Subroto No. 31 Jakarta Pusat. Selanjutnya berdasarkan SK BPK RI No. 12/SK/I-VIII.3/2004 tanggal 29 Juli 2004 tentang Organisasi dan Tata Laksana BPK RI, terbentuklah Perwakilan III BPK RI di Jakarta yang berkantor di Jalan MT Haryono Kav. 45-46 Jakarta Selatan. Perwakilan III BPK RI di Jakarta membawahi Sekretariat Perwakilan III BPK RI di Jakarta, Sub Auditorat Provinsi DKI Jakarta, Sub Auditorat Depdagri dan Jawa Barat IV, dan Sub Auditorat Jawa Barat I, II, dan III. Kemudian berdasarkan SK BPK RI No. 02/SK/I-VIII.3/1/2006 tanggal 5 Januari 2006, nama Perwakilan III BPK RI di Jakarta diubah menjadi Perwakilan BPK RI Provinsi DKI Jakarta, membawahi Sekretariat Perwakilan BPK RI Provinsi DKI Jakarta, Sub Auditorat Provinsi Jakarta, Sub Auditorat Depdagri dan Banten.
Berdasarkan SK Ketua BPK RI No. 34/K/I-VIII.3/6/2007 tentang Struktur Organisasi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, Perwakilan BPK RI Provinsi DKI Jakarta akan membawahi Sub Auditorat DKI Jakarta I, Sub Auditorat DKI Jakarta II, Sub Auditorat DKI Jakarta IIII, Sub Auditorat DKI Jakarta IV, dan Sekretariat Perwakilan.
Peresmian penggunaan gedung kantor Perwakilan III BPK RI Provinsi DKI Jakarta dilakukan oleh Bapak Ketua BPK RI, Prof. Dr. Anwar Nasution. pada tanggal 27 September 2005. Bertempat di Gedung BPM & PKUD Jl. MT. Haryono kav. 45-46 lantai 3 dan 4 Pancoran – Jakarta Selatan 12770, gedung tersebut berstatus pinjam pakai dengan perjanjian pinjam pakai no. 7/AK/BP/V/2007 antara BPK RI dengan Pemda DKI Jakarta.
Selanjutnya pada Bulan Desember 2009 Kantor BPK Perwakilan Provinsi DKI pindah ke Jalan MT Haryono Kavling 34 Jakarta Selatan dengan luas bangunan 17.473 m2, terdiri dari 15 lantai dengan 2 tempat parklir di bawah tanah yang diresmikan oleh Ketua BPK RI, Bapak Hadi Poernomo pada hari Senin, tanggal 7 Desember 2009.
KEPALA BPK PERWAKILAN DARI MASA KE MASA :
BPK Perwakilan Provinsi DKI Jakarta hingga saat ini telah mengalami 9 periode kepemimpinan yaitu:
- Hadi Priyanto
- Agung Kastawa
- Sjafrudin Mossi S.E., M.M.
- Dr. Blucer Welington Rajagukguk MSc., SE, SH. , Ak., CFrA., CA, CFE
- Efdinal S.E., M.M
- Syamsudin S.E., M.Si., Ak.
- Yuan Candra Djaisin S.E., M.M., Ak., CPA, CSFA
- Pemut Aryo Wibowo, S.E., M.Si., CSFA, Ak.
- Dede Sukarjo S.E., M.M., Ak., CA, CSFA
- Ayub Amali S.E., M.M., Ak., CA.,CSFA (sekarang)